🧬 Biologie 🧪 Chemie 📐 Bauwesen 🔄 Einheitenrechner 🌱 Ökologie

Ligationsrechner

Bestimme die genaue Insert-DNA-Masse, die für eine optimierte Ligationsreaktion benötigt wird. Stellt die korrekten stöchiometrischen Verhältnisse sicher, um die Klonierungseffizienz zu maximieren.

🧬

Reaktionsparameter

Gib die Vektorgröße, Vektormasse, Insertgröße und das Molverhältnis an.

Vektormasse (ng)

Vektorgröße (kb)

Insertgröße (kb)

Molverhältnis (Insert : Vektor)

Benötigte Insert-Masse

75.0 ng

* Stöchiometrische Menge für eine optimale Klonierung.

Gesamt-DNA in Ligation 175 ng

💡

Experten-Tipp

Verwende ein Molverhältnis von 3:1 von Insert zu Vektor für klebrige (cohesive) Enden. Für Ligationen mit glatten (blunt) Enden erhöht eine Steigerung des Verhältnisses auf 5:1 oder 10:1 die Effizienz.

Methodik & Ligationsverhältnis

📐

Ligationsformel

Die benötigte Masse an Insert-DNA wird stöchiometrisch basierend auf den Molekulargewichten berechnet (die proportional zur Länge in Basenpaaren sind):

Insert-Masse = Vektormasse * (Insertgröße / Vektorgröße) * Molverhältnis

🛠️

Fehlerbehebung bei Ligationen

Wenn die Transformation keine Kolonien liefert:

• Stelle sicher, dass der Vektor dephosphoryliert ist, falls du ein einzelnes Restriktionsenzym verwendest, um eine Selbstligation zu verhindern.
• Überprüfe die Aktivität der T4-DNA-Ligase und verwende Puffer mit frischem ATP.

Berechnung von DNA-Ligationsverhältnissen: Schritt-für-Schritt

Bei der Ligation werden Insert- und Vektor-DNA verbunden. Für eine hohe Effizienz muss das stöchiometrische Verhältnis stimmen:

DNA-Größen und Vektormasse bestimmen

Notiere die Vektorgröße (kb), die Insertgröße (kb) und die eingesetzte Vektormasse (ng).

Molverhältnis wählen

Ein Verhältnis von 3:1 (Insert zu Vektor) wird für klebrige Enden empfohlen, 5:1 oder 10:1 für glatte Enden.

Insert-Masse berechnen

Wende die Formel an: Insert-Masse (ng) = Vektormasse (ng) × (Insertgröße / Vektorgröße) × Molverhältnis.