🧬 Biologie 🧪 Chemie 📐 Bauwesen 🔄 Einheitenrechner 🌱 Ökologie

DNA/RNA-Schmelztemperatur-Rechner (Tm)

Bestimme die Schmelztemperatur (Tm) von Oligonukleotid-Primern. Gib eine Sequenz ein, um Zusammensetzung, GC-Gehalt, Molekulargewicht und salzangepasste Tm zu analysieren.

🧬

Sequenzanalyse

Gib die Primersequenz ein und passe die Reaktionsbedingungen an.

Oligonukleotid-Sequenz (5' nach 3')

Nukleinsäure-Typ

Oligonukleotid-Konz. (nM)

Schmelztemperatur (Tm)

48.2 °C

* Salz-angepasste Tm: 48.2 °C.

Sequenzlänge 16 bp

GC-Gehalt 43,8%

Molekulargewicht (ca.) 4883,1 g/mol

Einfache Tm (Wallace) 46,0 °C

💡

Experten-Tipp

Für optimale PCR-Ergebnisse wähle Primer mit einer Länge zwischen 18 und 30 bp und einem GC-Gehalt von 40–60 %. Achte darauf, dass sich die Tm des Vorwärts- und Rückwärtsprimers um weniger als 5 °C unterscheidet.

Methodik & Gleichungen

📐

Wallace-Regel

Geeignet für kurze Primer ($< 14$ Basen). Schätzt die Tm basierend auf der Anzahl der Wasserstoffbrückenbindungen:

Tm = 2 * (A + T) + 4 * (G + C)

🧂

Einfache salzangepasste Formel

Bevorzugt für mittellange Oligonukleotide ($\ge 14$ bp) unter Standard-Salzbedingungen im Labor:

Tm = 64.9 + 41 * (G + C - 16.4) / Länge

🧬

Erweiterte Salzkorrektur

Berechnet die Äquivalenzkonzentration von Natrium- und Magnesiumionen, welche die Stabilität doppelsträngiger Primer beeinflussen:

[Na+]eq = [Na+] + 120 * sqrt([Mg2+])

Berechnung der DNA/RNA-Schmelztemperatur (Tm): Schritt-für-Schritt

Die Schmelztemperatur (Tm) ist die Temperatur, bei der 50% der Oligonukleotide als Einzelstrang vorliegen:

Basenzusammensetzung analysieren

Zähle die Basen A, T, G, C in der Primersequenz.

Wallace-Methode für kurze Ketten (< 14 bp)

Wende die Formel an: Tm = 2 × (A+T) + 4 × (G+C).

Salz-korrigierte Methode für längere Ketten (≥ 14 bp)

Verwende: Tm = 81.5 + 16.6 × log10([Na+]) + 41 × (G+C)/Länge - 500/Länge.